Если все нормально делать, то не влияет. Это же просто-напросто перустановка ОС.
P.S. Встречал как-то мнение (хотя я категорически с ним не согласен), что Windows надо переустанавливать раз в три месяца. У меня на старом ПК установленная ОС работала 5 лет без проблем. Если не считать пары-тройки откатов системы :)