Ну тогда может стоит попробовать переустановить ОСь с "нуля" и посмотреть, как будет себя вести комп при выключении. Устанавливать программы по одной и следить за изменениями. Понимаю, что такой способ не совсем удобный и желаемый, но если других вариантов нет.. Хотя может еще кто идею подкинет, подождите. Решать Вам.
И еще. Поюзав поиск по данной тематике, могу сообщить, что проблема довольно распространенная и суть ее одна и та же (отказ от выключения программно), но вот пути решения у всех разные... Одним помогает что я написал, другим нет.
