Проверка диска проходит и по идее система должна ошибки (при их наличии) исправлять. У меня за все время пользования этой функцией по окончании проверки тоже ничего не писалось, система просто перезагружалась и запускалась уже нормально.
Что касается установленного софта. Раз его набор один и тот же что на старой ОСи, что на новой, логично предположить, что проблема заключается в несовместимости какого-то установленного софта с операционками. Об этом кстати упоминается в статье Microsoft, ссылку на которую я давал выше.