У тебя действительно разные катушки L1 в фильтре НЧ. На первом фото она с ферромагнитным сердечником, на втором - на "воздухе". Индуктивность обеих скорее всего одинаковая, но та, что с ферромагнитным сердечником, имеет меньшее активное сопротивление, из-за меньшей длинны провода в ней. Скорее всего именно из-за этого ты и имеешь разницу в звучании. Кстати, с какой из них звучит хуже? С "воздушной"?