Версия ОС, которую вам поставили в СЦ, официально мелкомягкими уже больше полугода не распространяется, соответственно, все разговоры о том, что они закупают ключи в промышленных масштабах - враньё.
Далее, при замене материнки и видеокарты необязательно было переустанавливать операционную систему, есть способы ремонта и без этого. Тем более что винчестер, я так понимаю, остался прежний.
Если сумма ремонта приличная - пишите претензию на имя директора СЦ, пускай разбирается в том, что начудили их спецы. В случае взбрыкивания - обратитесь в отдел по защите прав потребителей, в крайнем случае - в прокуратуру, они очень любят такие заведомо беспроигрышные дела.