А в родном проигрывателе есть функция "пересканировать библиотеку"? Если есть сделайте. Ну и не помешает очистить данные приложения, а так же откатиться к более старой версии, если возможно конечно. Есть мнение, что плеер неадекватно отреагировал на получение рута. Как вариант можно пользоваться сторонним проигрывателем. тот же Musixmatch (из бесплатных) или Poweramp (из платных)