какое подключение хардов? не установлена ли в биосе загрузка со второго жесткого?
можно переустановить систему, отключив физически второй хард.
проверить, нет ли на втором харде установленных виндовских файлов? и такое бывает.
второй хард живой, проблем с ним нет?