У меня на старом компе была такая проблема. Периодически долго загружался. Вылечил заменой машины. Но потом на рабочий комп потребовался хард для увеличения памяти. Поставил, заодно переставил винду и сделал свой бывший ЖД системным, так как он гораздо больше по объему. И вот тогда проблема долгого запуска опять всплыла. Переустановил систему обратно на уже имевшийся в системнике диск. Проблема ушла. Так вот и узнал, где был косяк. Тот хард еще не помер, но уже и не полноценный жилец. Так, старичек, кряхтит по тихоньку.