Такая хрень лечится полным удалением разделов, например через Fdisk долго но лечит, потом создать раздел заново, только один, а после установки винды разобраться с остальным местом. Просто он копирует файлы, а загружается с 8 мегабайт места, отведенного под 0 сектор в системе NTFS. В FAT 32 такого не бывает. Разве что не слил его с остальным пространством.