Надо запустить командную строку с правами админа, 'chkdsk C: (либо любой другой системный) /F /R' без кавычек (т.е. chkdsk C: /F /R) и энтер, на вопрос о проверке при последующем запуске ОС соглашаемся и перезагружаемся (как надо, а не провод из фильтра
)
Если чекдиск не запускается автоматически во время загрузки, значит, в журнале тома NTFS (мы говорил только об NTFS!) нет незавершенных транзакций.