начинает попахивать фантастикой....
1. привод может быть уставшим? может, но пробовали с флешки результат не изменился....
2. исходя из 1го думается винт проблемный, заменили винт, ставят ОС с флешки - проблема не исчезла...
3. испробовали все тоже самое, но с другим дистрибутивом - проблема осталась....
4. может с оперативкой что не ладно? проведите мемтест!