Наиболее вероятны повреждения зaгрузчика на HDD.
Что касается нежелания грузиться с CD, то в некоторых BIOSах бук не грузится пока не будет распознан диск в приводе. Времени прохождения процедуры POST бывает недостаточно для распознавания. Приходится искать кнопку выбора устройства загрузки вручную.