Печатная плата - это часть схемы и оттого на сколько она правильно спроектирована будет зависеть работоспособность и характеристики будущего устройства, так как паразитные связи, совмещённые контура добавляют новые элементы в схему, а что-то забытое - вычёркивает. Поэтому в итоге мы получаем совершенно другую схему, в отличии оттого, что было нарисовано изначально...
В Вашем случае повышенный уровень шума вполне может связан именно с этим. Проверьте сигнал после конденсаторов на входе и перед регулятором, а также выложите замеры напряжений на выводах микросхемы.