На стационарном компе у меня стоит ABBYY PDF Transformer 3.0 и проблем с преобразованием нет.
Попробовал преобразовать со стационарного - всё работает, НО:
- неправильно обработаны ненумерованные списки
- ссылки почему-то теперь преобразованы через поиск Google.