Если жесткий диск разбит на несколько логических, то достаточно информацию скопировать на любой раздел, кроме системного. А потом можете спокойно форматировать С.
Если не разбит, то, соответственно, разбить.
Ну, или, для мазохистов - записывать данные на CD/DVD... :)